Salut!
Je ne veux pas dire n'importe quoi, alors mets de gros guillemets pour lire ce que je vais dire...

Les motos à injection sont pour moi quasiment la même chose que les voitures de la même génération, du moins pour la gestion moteur.
Pour qu'il y ait l'injection et l'allumage au bon moment il te faut une info régime/position, donné par ton capteur "PMH" au vilebrequin, suppléé par un capteur AAC.
Après ton ECU gère quand il faut commander la bobine pour l'étincelle, donc à la partie puissance.
Dans ton cas, tu as déjà testé puis remplacé ta partie puissance (bobine fils HT et bougies)
Quid de ta partie commande: ton capteur PMH est-il bien "calé". A priori oui, sinon ça ne démarrerait jamais...et est il possible que ça soit décalé.. pas sûr!
Donc info position moteur OK. RAS coté mécanique pure...
Là encore je ne suis pas complètement objectif vu qu'il m'était arrivé la même mésaventure...
Soit ton ECU fait un peu n'importe quoi, soit ton faisceau (là c'était mon cas) te met la misère... Rien de pire qu'une panne qui va et vient...
Je ne suis pas spécialiste Aprilia, plutôt dans les 4 roues, voir plus maintenant (PL), mais ça serait mon raisonnement de diag...
Et pour finir, si tu es bricoleur averti, tu peux toujours mettre un fil en "volant" entre ton ECU et ta bobine, sur l'emplacement commande cylindre arrière... tu peux avancer dans ton diag...
Courage!